监察院去年6月3日说明指出，前年4月，外交部从国安系统得知徐佩勇疑涉职场性骚扰事件后，前部长吴钊燮4月11日立即要求徐解职返台，但之后，外交部并未依规定采取纠正及补救措施，监院接获陈情，内容明确指出徐佩勇对女下属有言语及肢体性骚扰行为，驻菲律宾代表处相关人员也已知悉，2023年4月27日函请外交部查明处理，外交部虽指示该驻处说明，但菲律宾驻处却避重就轻，只陈报是徐佩勇有些言语误会，造成女下属心有不悦，未启动调查并采取纠正及补救措施，直到匿名人士在网路论坛上爆料后，外交部才积极处理，外交部确有违失。
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监委还指出，菲律宾驻处的陈秘书室性骚扰防治业务及受理申诉的专责人员，在女下属申诉前早已知悉徐佩勇对女下属性骚扰，也知道徐男对女下属说「胸部漂亮」，却消极处置，让被害女下属持续遭受性骚扰，女下属才请求国安人员协助检举。
徐佩勇被控2022年12月至2023年3月间，多次性骚扰菲籍女秘书，其行为包括趁女秘书加班时，询问是否有穿内衣，还说，「因为你的胸部很美丽，让我感到非常兴奋」。徐佩勇还要求看女秘书胸部说，「让我再看看妳的胸部」，甚至动手摸其肚子建议要多运动。另在情人节时，徐男在会客室送女秘书1000披索当礼物时，伸手碰触其臀部，并多次以女秘书身上有「头皮屑」、「脏东西」等理由，触摸对方胸、背、臀等，女秘书虽感到恐惧，但为保住工作，隐忍不说。
监察院调查结果指出，女秘书早在2022年12月就向驻处申诉，但驻处仅要求徐佩勇道歉结案，导致女秘书持续被徐骚扰，2023年3月间，女秘书辗转而我驻外国安人员协助下向外交部举报，但外交部未依法补救，直到匿名人士在网路爆料，经媒体披露后，才积极处理。监察院认为，徐佩勇性骚扰菲籍女秘书，不仅侵犯其人格尊严，并严重影响国家及外交人员声誉与形象，有重大违失，因此全票通过弹劾，移送惩戒法院。
惩戒法院审理后，认定徐佩勇的性骚扰行为有严重违失，今判他撤职，停止任用3年，并罚款50万元，可上诉。