交通部铁道局今（8日）表示，因应高铁嘉义站联外运输需求，行政院已于2005年核以「高铁嘉义站联外BRT执行方案」，当中函示「本路廊原有规划轻轨捷运之议，考量政府财政状况及运量需求，请贵部参考本路廊运量之成长情形，再适时提出轻轨计划。」同时指出，依据大众捷运法第13条规定「大众捷运系统之建设，由中央主管机关办理。但经中央主管机关报请行政院同意后，得由地方主管机关办理。」
铁道局说明，目前按照台北、新北、桃园、台中、台南、高雄等地40余年的捷运建设经验，由于捷运评估规划不论路线方案研拟、运输需求预测、路线场站选址、土地开发方式及强度等，均涉及地方政府对其都市发展规划，且计划后续推动所涉用地取得、都市计划变更及车站周边交通转乘规划等均属地方政府权责。除机场捷运性质特殊，属于国家门户国际机场的联外运输，2004年间决议由中央兴建外，其余捷运均由地方政府依大捷法第13条规定统筹办理。
有关嘉义市政府主张，高铁联外为中央职责，应由中央出资并统筹办理一事，以台中捷运绿线为例，该路线与嘉义BRT计划同期推动为高铁站的联外捷运系统，其计划执行台中市政府依照相关规定负担用地、自偿及部分非自偿经费，且因台中市未具捷运建设经验，委托台北捷运局代办兴建完成后也依大众捷运法规定成立公司营运。
另如台南市政府规划中捷运（捷运蓝线及延伸线）也将与台铁台南站连结，营运中台北捷运、高雄捷运均提供高铁站联外功能，均依地方捷运建设的模式由地方政府主办，中央依计划审议结论予以补助，铁道局强调此为全国一致性原则。
铁道局补充，有关嘉义市政府所称历史承诺：「请交通部依据行政院2005年同意高铁嘉义站联外BRT执行方案，续办轻轨蓝线建设计划规画及依路廊运量成长提轻轨计划」一事，恐对于行政院函示有所误解，行政院2005年间已核定高铁嘉义站联外采BRT系统，至于行政院请交通部参考本路廊运量成长情形，再适时提出轻轨计划，属对于交通部后续协助地方政府将计划提报行政院审查的提醒，并非要求交通部续办轻轨计划。