被控内乱罪、3次拒绝调查，公调处先前逮捕曾遭总统警护处反抗而失败
公调处指出，这些行为不仅严重违反宪政秩序，更侵害了国家安全。因此，负责调查高阶公务员贪腐与滥权的公调处在解严后，随即对尹锡悦展开严重滥权与其发动内乱的犯罪调查。
在此期间，尹锡悦先是在去年12月14日遭国会弹劾而停职。在等待韩国宪法法庭审理期间，与尹锡悦共同主导戒严的韩国国防部长金显龙、国军防谍司令官吕寅兄、首都防卫司令部司令官李镇雨先后被捕，但尹锡悦却一直留在汉南洞的总统官邸坚守不出。
尽管公调处曾三度要求尹锡悦主动到案说明，但尹锡悦却置之不理，仅透过录影、公开信与律师转达等方式不断强调「自己没有违宪也没有犯罪」，并质疑公调处无权对国家领导人提出刑事调查，因此自己完全没有配合公调处「违法行动」之必要。
在尹锡悦持续拒绝配合调查的情形下，公调处于去年底向法院申请「针对尹锡悦总统的逮捕令」获准。随后，公调处于2025年1月3日首次出动，前往总统官邸执行逮捕。然而，行动遭到总统警护处的特勤部队与官邸戍卫军的顽强抵抗，双方一度爆发肢体冲突。
最终，在僵持5个半小时后，公调处与警方因人数劣势，选择主动撤退。
第二次逮捕凌晨出击，尹锡悦最后关头欲主动投案遭拒绝
但随著戒严调查的推进，各种新证词的曝光──包括戒严军在去年12月3日当天，曾收到命令要封锁《MBC》电视台与进步派的《韩民族日报》，以管制新闻内容等──却让尹锡悦的立场愈发孤立。同时，公调处也密集透过跨部门协商与违法警告等方式，不断施压总统警护处「配合法院逮捕令」，才在万事俱备的情况下于1月15日清晨发动第二次总统逮捕任务。
《韩联社》表示，第二次逮捕行动从首尔时间15日清晨3点20分开始。由于公调处的行动提前被媒体曝光，因此从14日开始总统官邸前就集结了超过6,000名不同阵营的示威者。为此，警方特别动员了54支机动部队、超过3,200名警力以控制场外局面。
5点10分，公调处与警方超过1,000人逮捕队在优势警力的支援下开始进入官邸执行逮捕任务。尽管挺尹派支持者与执政党议员试图以肉身阻拦，但最终被警方顺利清场。在此过程中，官邸的警护部队也未再积极阻碍警方行动。公调处在层层排除障碍后，于7个小时内确认尹锡悦的所在位置，顺利逮捕。
保守派的《朝鲜日报》指出，在公调处部队突破官邸第二道大门之后，尹锡悦曾透过律师团表示「为了避免场外支持者发生流血冲突，自己愿意主动投案」，但公调处必须先从官邸撤出逮捕部队，并给尹锡悦几小时、公开向数千支持者喊话安抚的时间。然而此一请求被公调处断然拒绝，强调「一切行动必须按照法院授权的逮捕令行动」。
最后，尹锡悦虽然在10点33分被正式逮捕，但他仍透过预录演说发出新闻稿，强调自己之所以愿意接受调查，是为了「避免爆发流血事件的不得已决定」，而不是承认公调处逮捕行动的合法性。
尹锡悦指出，公调处的内乱调查与逮捕令从头到尾都是侵害国家安全的违法行为，并再次反批韩国的法治精神已经彻底崩坏。他表示：「虽然我因此遭受不公正的对待，但我仍希望我们的国民们今后在面对任何刑事案件时，永远不会再经历和我同样的遭遇。」
为何声援尹锡悦的政坛声量变大？民调显示韩国选民开始归队政党对决
除此之外，执政的国民力量党党内挺尹派也积极发声。像是15日前往官邸试图阻止逮捕的国会议员朴冲绻就高调谴责公调处的逮捕行动是「受（在野最大党）共同民主党指使的违法政治性逮捕」，并称「历史将记住今天是大韩民国的耻辱日。」
《韩联社》表示，虽然尹锡悦的被捕与随后可能的收押，可望大幅推进对于去年12月3日紧急戒严事件的违宪与犯罪调查，但韩国政坛的对立情绪却有重返朝野对抗的分裂趋势。根据韩国盖洛普（Gallup）1月9日公布的民意调查，在韩国国会通过尹锡悦弹劾案之后，韩国民意随即出现钟摆效应，原本受尹锡悦拖累的执政党国民力量党支持率大幅上升至34%──这不仅比弹劾案前夕增加了10个百分点，更创下执政党半年来的支持率新高；至于因为戒严风暴一度支持率高达48%的在野党共同民主党，1月初的支持率随即回跌至36%，这也显示了中间选民对于弹劾案的种种朝野恶斗已感疲态。
盖洛普表示，虽然保守派在政党支持率上明显回升，并对年轻男性特别有吸引力，但在未来国家领袖（即下一任总统的潜在参选人）的支持率上，共同民主党党魁李在明仍以32%稳居第一，其后才是国民力量党的劳动部长金文洙（8%）与党魁韩东勋（6%）。
遭到弹劾停职的现任总统尹锡悦，目前正在接受宪法法院的违宪案调查。按照既定程序，宪法法院最慢将于6月之前对尹锡悦的紧急戒严案作出弹劾判决。若尹锡悦的紧急戒严令被判违宪、其弹劾审判被通过，他将立刻被解除总统职务，韩国则将在判决后的60天内举行总统大选。