立法院從1月17日起處理中央政府總預算，當天先處理「通案」部分，國民黨團與民眾黨團聯手表決共同提案，統刪各部會包括大陸地區旅費、國外旅費及出國訓練費、國內旅費、水電費、特別費等，均<!–__ANNOTATION__={“text”:”不得流用”,”annotation”:”
“,”pureAnnotationText”:”原則上同一科目經費可以流用（如：同樣編列在人事費之下的加班費和績效獎金），但跨科目之間不得改經費用途，即不得流用。”}–>；設施養護費、軍事裝備等統刪3%，一般事務費統刪10%，媒體政策及宣傳費統刪60%，最後要求總刪減數未達939億7,500萬元（約3%）另予補足，檢視過去24年的總預算，這項刪減數字已經超過歷年規模。
20日院會開始處理超過700案的預算提案，分別來自8個委員會，進行漫長馬拉松表決，經歷近20小時的不斷電表決，合計刪除超過1,000億元，終於在今天清晨5點半完成所有提案二讀，下午1點開始三讀，並在半小時完成三讀程序，完成總預算審議。
行政院長卓榮泰從17日起三度在行政院召開記者會，從呼籲立法院理性審理預算到今天批評在野黨非理性刪除預算，火力一次比一次更猛烈，認為這將造成「行政部門重大窒礙難行」。2006年1月時任行政院長謝長廷因為總預算被刪除超過300億元，希望提出覆議，但不被時任總統陳水扁接受而請辭，當時行政院祕書長是卓榮泰，如今同樣面臨朝小野大困境，黨政人士研判，卓榮泰可能提出總預算覆議。
總預算案三讀通過後，民眾黨團總召黃國昌表示，立法院審查後，2025年中央政府總預算歲出規模與2024年大致相符，是「為全體國人嚴格把關血汗錢」；國民黨團總召傅崐萁認為，刪除浮編的預算是「還錢於民」，藍白均強調此舉不會癱瘓政府。
超越扁政府時代，此次預算刪減比例創新高
《報導者》統計從2001年至今的中央政府總預算歲出、歲入以及審議後的總額，這20多年間，刪減比例最高的是2006年民進黨籍前總統陳水扁執政期間，刪減比例達2.27%，結算今年（2025）刪減的比例則達到6.63%，大幅超越扁政府時代而創下新高。
東吳大學政治學系教授蘇子喬分析，如果只拿馬英九政府或蔡英文政府期間比較都不公平，因為執政黨與國會最大黨都是同一個政黨，上一次出現「分立政府」已經要追溯到陳水扁執政期間，當時在野黨監督力道大，刪減總預算比例也比近16年都還要高，直到今年才被賴清德上任後的第一個總預算案打破。
「即使朝野這麼對立，今年通過總預算的時間並非史上最晚，過去曾經有審到6月的紀錄，加上《預算法》保護，即使總預算未通過，預算仍可比照上一年度動支，只有新增計畫不行，中央政府不會有關門的疑慮，」蘇子喬說。
專長公共預算的東海大學行政管理暨政策學系教授劉志宏則觀察，台灣歷來預算編列多半依循漸進預算原則（編列預算時根據前一年度的預算進行微調），今年亦無不同。他解釋，這是兼顧政治現實之下，「行政機關能夠快速、有效率通過下一年度政府總預算的方法。」
至於為何今年會成為朝野戰場？劉志宏認為，這是執政黨尚未習慣分立政府。過去8年就算執政黨和國會多數黨一致，預算也都刪了2、300億，今年在執政黨未取得國會多數的情況下，刪減比例上升將是未來4年的「新常態」。他也表示，總預算刪減後，「行政部門還是有資金可以去施政，沒有像他們（指執政黨）講的那麼嚴重。」
這次統刪達939億元，劉志宏認為，以統刪方式抑制歲出規模，優點是效率高，但缺點是可能誤砍一些重要項目，「比如說我們其實需要抗中保台啊，一刀砍下去讓買國防武器的設備不夠，麻煩就大了。」他認為，監督時應針對個別部會或個別預算事項處理。
公民監督國會聯盟（公督盟）政策部主任陳利益則表示，公督盟向來主張「統刪是立法院的陋習」，因為統刪並不是針對預算不合理的部分，只像是「立法院想製造省錢的假象」。
朝野對立之外，學界對總預算看法也分歧
民眾黨團總召黃國昌表示，2025年中央政府總預算歲出經立法院審查後，合計約為2兆9,248億9,555萬，與2024年中央政府總預算的歲出規模大致相符，在野黨並沒有癱瘓國家，「如果不會治理國家就請下台」。
面對在野黨強勢刪除與凍結預算，卓榮泰連續兩日（20與21日）在記者會上強調，政府部門所有預算都依照計畫編定、執行，也有非常嚴謹的監督機制，每一項經費都有相對應的施政目標，「歲出預算增加的範圍，都是過去編列數額較少，或今年新增的計畫，假使今年總預算刪減或凍結高達4,872億元，將造成各項業務推動窒礙難行。」
卓榮泰逐一唸出今年增加預算用途，包括公共建設798億元、國防經費415億元、健保財務協助方案336億元、健康台灣深耕措施60億元、國家癌症防治計畫40億元、撥補住宅基金興辦社宅等200億元、國民年金136億元、國科會科學研究計畫126億元、以及2歲至未滿6歲幼兒照顧及服務經費49億元等。他強調，並非如在野黨所說，刪除2,000億元只是把浮編增加的預算砍掉。
2025年中央政府總歲出原列金額較2024年增加9.8%，到底歲出規模增加意味著什麼？學界看法也很分歧。
劉志宏認為，政府歲出擴張規模和經濟成長率無絕對關係。經濟好的時候，政府稅收增加、歲入增加，所以歲出也可以增加；經濟不好的時候，凱因斯學派也會建議擴大公共支出以改善經濟。
義守大學公共政策與管理學系助理教授吳明孝也認為，今年原列歲出較高不一定是浮編，而是整體經濟狀況好，即便台灣政局好像很動盪，但股票一樣漲破萬點。陳利益則說，不能只看歲出是歷年來最高，也要考量歲入也是歷年最高，「代表政府認為他可以賺這麼多錢，才編列這樣（多）的歲出」，不能單純比較各年度的歲出，而是要連同歲入整體評估。
國立台北商業大學財政稅務系教授黃耀輝則持不同觀點。他主張，中央政府<!–__ANNOTATION__={“text”:”經常門”,”annotation”:”
“,”pureAnnotationText”:”根據《預算法》第10條，歲出項目中，除了除增置或擴充、改良資產及增加投資為資本支出，應屬資本門外，其餘均為經常支出，應列經常門。”}–>支出不應高於當年經濟成長率，資本門的支出（後代子孫也可以一起享用的建設）略高於經濟成長率則無妨，但當年度歲出增長幅度應以不高於當年度經濟成長率為原則。
黃耀輝說，「以往幾年大概是經濟成長率4%、（總預算）歲出規模增加6%，這次是預估經濟成長率3%多、歲出規模增加9.8%，遠高於經濟成長率約3倍，確實會讓人有點疑問。」審議後的預算相較2024年法定歲出預算增長約1.02%、低於預估經濟成長率，黃耀輝認為屬於合理範圍。
至於審議後歲出預算增長率（1.02%）略低於中央研究院經濟研究所預估之2025年通膨率（CPI年增率）2.02%，黃耀輝說，「這可能導致實質支出減少一點，但差1%影響也沒那麼大。不過，如果未來行政院以此名義向立法院提案追加預算，也還算合理。」
爭議預算案有哪些？
撥補台電虧損1,000億全砍，電價面臨上漲壓力
立法院表決前，台電、台糖、台水和中油等4大國營事業工會共同發布聯合聲明指出，台電過去受到俄烏戰爭燃料大漲，過去3年4次調漲電價，但為了照顧民生，無法合理反映電價，在漲幅不足下，台電去年（2024）年底累計虧損超過新台幣4,200億元，財務進一步惡化，「希請立法院能給予台電預算必要支持。」
但立法院會藍白聯手確定將挹注台電的1,000億2萬元刪除，剩下去年使用追加預算挹注台電的1,000億元還掛在立法院議程上的協商項目中，只是能否闖關，甚至真正挹注台電虧損，經濟部也沒有把握。
經濟部次長連錦漳在1月15日回應立委質詢時說：「如果沒有撥補，漲價舉債都是方向，但台電舉債空間非常有限，而電費調漲事關重大，經濟部需審密思考後續要怎麼因應。」電價費率審議會每年都在3月、9月開會，失去挹注虧損金後，電價可能有上漲壓力。學者們分析，以往政府補貼台電，得利最多的是企業用電大戶，電價未必不能漲。
黃耀輝主張：「撥補早就該刪，不然就等於拿全體納稅人的錢補貼用電大戶，並不符合公平原則。」他建議台電應設法改善財務結構，降低每度電的發電成本，邁向財務上的自給自足。
至於後續電價應如何調整？他建議電價費率審議會依法審查，並遵循使用者付費原則，在電價上如實反映台電成本。如果未來電價上漲，建議內政部提出社會救助方案，向立法院提追加預算補助弱勢家庭電費，「相信立法院也不會不同意。」黃耀輝也強調，電價上漲不應歸咎於撥補預算刪除，而應檢討經濟部的能源政策。
劉志宏也認為電價應該調漲，但他分析，如果最終電價上漲，企業成本將因此上升，或將成本反映在產品售價，進而引起通貨膨脹、物價上漲的連鎖效應，影響層面較廣。
「我相信我們的通膨率那麼低，純粹是政府控制油價跟電價，如果不控制的話，通貨膨脹率可能高於2%。但這通膨水準，台灣人民大概不太能夠接受，」劉志宏說。
陳玉珍原提案刪除《公視》23億預算，引文化界反彈後最終刪2,300萬
文化部成了這次總預算審查的焦點，文化部長李遠就在社群媒體上寫下：「在無止盡的羞辱後，收下這個處處都是彈孔的預算書。原本以為我們已經搶救回什麼，其實，我們拿到的還是一份招降書。」並分享文化部新聞稿，詳述這次遭到刪除與凍結的預算。
上週國民黨立委陳玉珍以《聽海湧》「扭曲歷史」為由，提案刪除《公視》23億元預算，引爆文化工作者的不滿，多位導演甚至到立法院開記者會，導演協會更發出公開信，反擊陳玉珍的「