毛泽东继承了列宁的党报理念，认为党报是学习、宣传、组织的工具，不是「新闻」，是「宣传」。作为中央党报的人民日报，在此种框架下发表文章，多是出于「政治任务」而非「新闻性」。
王若水在1992年写作的《没有结束的求索》中回顾自己的多年工作，坦言「大部分不是所谓的为人民服务，而是为专制者效劳」。他回忆起理论部的日常工作就是「进行理论教育，为政治服务，根据政治任务的变化，一个时期宣传这个，一个时期宣传那个」。
1954年，王若水据毛泽东批判胡适的指示写作《清除胡适的反动哲学遗毒》，毛泽东评价他是「新生力量」;1957年，他奉命写一篇宣传「百花齐放，百家争鸣」方针的社论，大受毛泽东表扬。1963年，他发表1957年反右派运动轰轰烈烈地展开，王若水未被打成右派，但仍因为思想没有改造好，于58年被下放湖北农村进行劳动锻炼。在这一年改造期间，他阅读了马克思的《1844年哲学经济学手稿》，发现青年马克思的观点与教科书中的马克思主义哲学大有不同，这也为他后来批判异化的社会主义打下了理论基础。
回到报社后，王若水继续在人民日报的工作。1963年，王若水被指派到小组里写一份主题为批判人道主义的小册子，作为批判苏联修正主义的一环，他负责写作其中人性与异化的两章。
1965年「四人帮」成员之一姚文元在《文汇报》发表《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》，直指作者史学家吴晗，意图挑起新的阶级斗争。重重政治压力下，《人民日报》也不得不跟上。王若水在总编吴冷西的口述下成文《接受吴晗同志的挑战》，为文化大革命添了一把火。他在《没有结束的求索中》写道「我是自觉地执行了这个任务，即便吴冷西没有要我写，我也会写的，我把这看作是『战斗』」。
一朝梦醒：为人道主义辩护
文革开始后，王若水初期积极参与贴大字报，批报社领导，他觉得自己解放了，「我对毛是『无限崇拜，无限敬仰』。我确信毛是在领导我们进行一场惊天动地，震古铄今的伟大事业，要涤荡旧世界的人一切浊泥污水，建立一个红彤彤的崭新世界」。
现实很快泼了他一盆冷水。1972年周恩来指示人民日报批判极左思潮，「四人帮」成员张春桥、姚文元却强调批左不要过头。王若水编发了一整版批判无政府主义和极左思潮的文章。 被张姚批评，他写信告到毛泽东案前，却反而招致批斗。王若水自己成了批斗对象，他这才如梦初醒，看穿了文革的实质。文革不是什么「群众性民主运动」，而是一种「新形式的异化」，人民对毛的宗教式崇拜成为了消灭异见的工具。
「现实是无情的，冷酷的，它使我痛苦。然而，我宁做痛苦的清醒者，不愿做无忧的梦中人。」 他在《智慧的痛苦》中写道。
1977年秋，王若水重返人民日报后，被任命为主管思想理论文艺的副总编辑。改革开放后，批评「两个凡是」，展开真理标准的大讨论，思想解放，媒体环境也大大宽松。总编胡绩伟和王若水两人，顶住极左派的压力，一面刊发推动思想解放，政治改革的文章，一面促进全国上下对右派的平反。刘宾雁