香港大学发生校政风波，政府罕有成立调研小组跟进大学内部运作事宜，教育局局长蔡若莲表示，行政长官对港大非常关心和爱护，调研小组的工作务实，不会等几个月或半年后才提交报告，而是一有进展就会向行政长官汇报。

蔡若莲接受本台《上任两周年》系列专访时形容，调查小组工作是互动过程，会厘清事实，与各方沟通协调，以及向院校提出良好措施及建议。她又说，八间资助大学每年获政府投放200多亿元资源，大学是属于香港，不是属于某一个会或某一个人，不会因为担心影响面子而不去处理问题。

被问到是否认同全国侨联前副主席卢文端撰文指，不配合调研小组即是和特区政府对著干。蔡若莲重申任何人都可以自由表达意见，她希望各方以大学利益为依归，以学生福祉为最优先考虑。

中大及港大先后发生管治风波，蔡若莲不担心海外学者会因而对来港发展却步，从而阻碍本港成为国际高等教育枢纽。她指出，院校纷争并非香港独有，而是全世界的大学都在面对，近日亦有美国知名大学校长要辞职，相信本港的高等教育优秀，可以克服问题。